La reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR) es la prueba más específica y más sensible para la detección de los diferentes tipos y subtipos del virus de la gripe pero puede dar falsos positivos y falsos negativos en una proporción variable. La detección de RNA del virus de la gripe no siempre indica detección de virus vivos o de replicación viral. Un resultado positivo de PCR puede interpretarse como infección pero no indica que el paciente sea contagioso pero también puede ser portador o haber sido vacunado.