En 1587 y a instancias del bonzo Nichijoshonin, el daimo Toyotomi Hideyoshi promulgó un edicto para prohibir el cristianismo y expulsar a los misioneros, deseando obtener el favor de las sectas budistas y temiendo que los señores feudales católicos ayudaran a derrocarle en una invasión castellana. En 1596, una disputa poco clara entre los comerciantes portugueses de un barco atracado en Shikoku y representantes de Hideyoshi condujo a la ejecución de todos los curas que había a bordo. Creía que había un complot cristiano para librarse de él.