Las fuertes precipitaciones del pasado septiembre provocaron goteras y humedades, con el consiguiente “abombamiento de pavimentos de madera”, el “desprendimiento de falsos techos” y el daño a fondos bibliográficos. La BNE alertó del problema al Ministerio en 2 ocasiones mediando más de 100 días entre el primer aviso y el anuncio en diciembre de "obras urgentes". Sin embargo, ni el Gobierno ni la institución, han revelado las dimensiones reales del problema, ni la tardanza en la respuesta ni la cantidad de fondos bibliográficos afectados.

Las obras para combatir las humedades han permitido desmontar e identificar una lápida en el vestíbulo que sugiere un uso religioso de la construcción, como capilla privada