Los investigadores de la universidad Frankfurt avanzan en la detección de infecciones por coronavirus. En el nuevo enfoque, las muestras de laboratorio se combinan en una solución tampón y se testean utilizando el método de PCR (método de reacción en cadena de la polimerasa, detección directa del genoma del SARS-CoV-2). Si el resultado es negativo, todas las muestras contenidas en él tienen un resultado negativo fiable. En el caso de un resultado positivo del grupo se realizan pruebas individuales. Este metodo permite ahorrar tests.
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Si el cliente era "exquisito" con la calidad del producto, te pagaba una verificación unitaria.
Si el cliente no quería gastarse tanto dinero, pedía un muestreo. O sea, mirabas una cantidad determinada de piezas (p.ej.: 1.000). Si salían 10 malas, se consideraba que un 1% de rechazo era aceptable y se tomaba el total como bueno. (Curiosamente el cliente que prefería muestreo era alemán).
www.20minutos.es/noticia/4209486/0/mapa-coronavirus-espana-contagios-m
Ya, ok. La sensibilidad de la prueba en el pool es la misma que para una muestra concreta. Chapó por los alemanes y vergüenza porque una cosa tan sencilla no se le hubiera ocurrido a toda la comunidad científica antes. Hasta quieren hacer una patente.
Si no tenéis síntomas, crees que hubiese cambiado mucho tu situación haciéndote un test?
Se toman seis muestras dobles.
Una de cada se guarda individualmente, las demas se ponen juntas, y se analiza esa muestra.
Si es negativa, por fuerza mayor todos individuos son negativos.
Si es positivo, se realizan los analisis hasta dar con el positivo.
Si tienes un caso por 6000 habitantes, puedes cubrir toda la población con 1006 test, es decir, usando poco más de la sexta parte de test necesarios para hacerlo uno a uno.
Supongamos que quiero encontrar a UN solo infectado entre 2 millones de personas. Tomo a cada persona 10 muestras, y las agrupo en lotes de 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 256 y 512 tampones por lote.
Hago 3907 test en los grupos de 512, y cuando encuentro al lote que tiene un positivo, descargo lotes al 50%, por lo que realizo un total de 521 pruebas.
Es decir, con solo 521 test, he llegado al único infectado de entre dos millones de personas, y sobre el individuo han caido 9 tests, es decir log6(2000000)
es.wikipedia.org/wiki/Árbol_binario_de_búsqueda
Depende de la tasa estimada de contagios, deberías dividir la muestra por grupos de N pacientes (4, 5, 6, etc) y analizar cada uno de ellos. Luego, en todos aquellos en los que salga positivo deberías analizar todas las muestras. Ahorras algo si es más de la mitad de los grupos sale negativo (ya que en los grupos en los que sale positivo gastas N+1 tests).
Para porcentajes de infección muy bajos tiene sentido.
Si tienes 300 infectados como máximo realizas 300*521, es decir, 150K test MAXIMO, ya que muchos habrán salido de la misma muestra, y por tanto harán falta menos test.
Digamos ahora el caso de madrid, con 1 casos por 1000 habitantes, nuestra población tendría 2000 casos aprox, así que como maximo (limite superior) se harían 1 millon de test aproximadamente.
Repito, caso peor, con una población uniformemente distribuida. Si la infeccion está distribuida por clústeres, lo normal en una pandemia, el número de pruebas podría quedar en unas pocas decenas de miles.
Esta es mi parte favorita de las matemáticas, la complejidad.
www.meneame.net/story/empresa-italiana-vende-medio-millon-kits-pruebas
Me preguntaba por qué no se hace algo parecido con esta enfermedad y me imaginé que sería por motivos técnicos de algún tipo. Ahora veo que debe de ser así, porque hay gente trabajando en el asunto.
Y la eficacia es en torno a (log n) si sigue el modelo matematico que la misma funcion de busqueda informatica
(Para grupos fe 8, se reduce a 3. Para grupos fe 16, se reduce a 4, y crece inverao a la exponencial)
Para seguir el ejemplo que he puesto, en lugar de hacer una PCR a cada habitante del pueblo para saber quién es el padre, ésto sería como hacer una PCR con el ADN de todos los del pueblo, para saber si alguno es el padre.
Bueno, luego habría que buscar dentro de ese grupo al padre, así que sí, es exactamente como una búsqueda binaria, pero en grupos en lugar de en mitades, así que en realidad es menos eficiente que la búsqueda binaria.
En plan que reacciona mal algún reactivo con muchas muestras o algo así, más que fuera que nadie se le había ocurrido el truco.
Si además de no ahorrar casi en test, tienes que obligar a todos a desplazarse dos veces, y retrasas los resultados, y ti mes que gestionar las cuarentenas en estos retarasos, con lo que es peor el remedio que hacerlo a todos desde el principio.
En cambio si los grupos estás bien diseñados si que puedes ahorrar test.
Lo que no me queda clara,ves la precisión, ya que estás diluyendo la carga vírica, y los PCR tienen una precisión que estás reduciendo con la dilución.
1.-La prueba no baja de calidad, el resultado es siempre, negativo o positivo.
2.-Si no hay virus, el text va a dar siempre negativo.
3.-¿para que van a tener que ir dos veces? Se divide la muestra, o se les toma dos muestras a la vez.
4.-Menos mal que te da pereza calcular la probabilidad.
1: todo test tiene falsos negativos y positivos, de hecho es uno de los valores mas relevantes del test, con lo que nunca es del todo positivo o negativo.
2: ni de coña, esta lo que se llama sensibilidad, te lo miras en la wikipedia y dejas de decir magufadas: es.wikipedia.org/wiki/Reacción_en_cadena_de_la_polimerasa
3: porque hay que conservar, gestionar, y garantizar que estan en perfectas condiciones millones de muestras
4: Pelín sobradete vas, para tener tan poca idea, ¿no?
Luego todos los detalles que me han dado son super utiles. Mi observacion era super general pero mola saber el razonamiento real que hay detras