El comisario jubilado Villarejo se comprometió el 13/11/2012, en plena gestación de la investigación parapolicial conocida como "operación Cataluña" contra políticos de esta Comunidad, a adelantar 30.000 € que después le debían ser abonados con fondos reservados para "hundir a esta gente", en alusión a Pujol y sus hijos. Villarejo también informó al secretario de Estado de Seguridad Francisco Martínez de que debían entregar 250.000 € al confidente Javier de la Rosa, que aportó información sobre las cuentas ocultas del expresidente catalán.

Según estos nuevos documentos, a los que ha tenido acceso El Món, Villarejo tenía una especie de pegasus para poder grabar e interceptar conversaciones y comunicaciones. Un hecho que explicaría la cantidad de grabaciones y documentos sobre la Operación Catalunya . Un aparato que codiciaba al CNI y que habría sido financiado por Rajoy y por el exministro de Defensa, Federico Trillo. De hecho, el gran adversario de Villarejo, el jefe de la Unidad de Asuntos Internos, Marcelino Martín Blas, intentó arrebatarle “la máquina”.

El 9 de septiembre de 2009, siete meses después de que EL PAÍS destapara la existencia de una supuesta trama en el Gobierno de Esperanza Aguirre para espiar con fondos públicos a los adversarios de la presidenta dentro del Partido Popular, el comisario José Manuel Villarejo contó a Ignacio López del Hierro, marido de Dolores de Cospedal, entonces secretaria general del PP, cómo estaban intentando desactivar el escándalo. La conversación, grabada por Villarejo, ha sido incorporada ahora al sumario del caso Kitchen

El CNI envió un email a Villarejo en respuesta a un "informe confidencial" del comisario sobre la venta de armas: "No es cierto que las operaciones sobre el material prohibido siguieran a partir de 2008; se verificó esto en todas las fuentes consultadas, incluidos los fabricantes". Sin embargo, Villarejo aseguró al servicio secreto español que el traficante El Assir afirmaba tener pruebas de "la venta de misiles con munición clúster (bombas de racimo) a través de la firma TDA LTD".

Grabación entre Dolores de Cospedal y el comisario José Manuel Villarejo. En el audio se oye a Villarejo decir que «hay que laminar al cabrón este de Bárcenas», a lo que Cospedal añade: «Eso lo tengo más claro que el agua». El audio completo, de 25 minutos de duración en el que se ve la complicidad entre ambos, se pone de manifiesto que Cospedal mintió una y otra vez cuando se le preguntó por la existencia de sobresueldos en el PP, es decir, en realidad sabía de su existencia y, además, trató por todos los medios de que no saliesen publicados..

La expresidenta de la Comunidad de Madrid, Esperanza Aguirre, convenció al comisario José Manuel Villarejo para que retirase la denuncia que la Asociación Transparencia y Justicia, vinculada a Villarejo, presentó contra ella tras el incidente que tuvo con policías municipales de Madrid después de aparcar su coche, el 3 de marzo de 2014, en el carril bus de la Gran Vía, para sacar dinero de un cajero. Dos agentes policiales intentaron multarla pero Aguirre se subió en el vehículo y salió huyendo tras golpear la moto de unos de los policías.

Un superpolicía autor de alguno de los éxitos policiales más sonados de finales del siglo XX, ahora jubilado, llama por teléfono al agente encubierto José Manuel Villarejo un 10 de marzo de 2015. Ese día, EL PAÍS revela que Villarejo tiene un patrimonio sospechoso: 12 sociedades y 16 millones de euros de capital.

Una conversación que choca con lo que decía Ferreras al exlíder de Unidas Podemos, Pablo Iglesias, el año 2019 en una entrevista en directo para La Sexta: "Nunca he trabajado con Villarejo y ni La Sexta ha publicado ninguna exclusiva procedente de Villarejo. En treinta años de profesión, sólo he visto tres veces a Villarejo".

El concejal del PP José Eduardo Díaz Molina dictó un decreto el 11 septiembre 2014 con el que dejaba sin efecto la orden de cese de actividad que él mismo había firmado en enero contra la empresa del comisario. Un lavadero de coches ubicado en el aparcamiento Los Cipreses, cuyo titular era la empresa Autocobermar SL, propiedad de Villarejo. Este negocio promovido por Villarejo había sido clausurado unos meses antes porque el Consistorio consideraba que esta actividad no se ajustaba a la normativa vigente en el Plan General de Ordenación Urbana

En su declaración de hoy, Cospedal, sin embargo, lo ha negado todo. La exsecretaria general del PP ha asegurado que sólo se reunió con Villarejo en cinco o seis ocasiones y que no recuerda haber hablado de Bárcenas o su abogado en ningún momento, apartándose, por tanto, de las citadas presiones que el magistrado investiga. La que fuera mano derecha de Mariano Rajoy sí ha explicado los motivos por los que se reunió con el comisario jubilado: porque Villarejo disponía de información de personas que querían perjudicar al PP. Cospedal ha negado...