El presidente del CSIC no se nombra mediante un proceso transparente y abierto en el que participen los miembros del CSIC o, en su defecto, el Parlamento, sino que es el Gobierno el que lo nombra directamente. En ningún caso a criterios científicos ni democráticos. Lo que abre la puerta al nepotismo y al ajuste de cuentas políticas, como fue la destitución del anterior director de la Estación Biológica de Doñana, Juan José Negro, cuando criticó la adjudicación de la mina de Aznalcóllar.
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