El ácido fítico presente en el salvado o la cáscara de todas las semillas, incluida la de soja, dificulta la absorción de los minerales. Los alimentos de soja tienen una alta concentración de goitrógenos que bloquean la producción de hormonas tiroideas. Se han encontrado en la soja 28 proteínas diferentes capaces de reaccionar con los anticuerpos IgE. Tiene un alto contenido de Inhibidores Enzimáticos. Aunque parezca sorprendente, en poblaciones típicamente consumidoras de soja, las cantidades diarias no son tan altas.
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