Dos genes ya se conocen y tienen nombre: Agouti y Mc1R, y los mecanismos moleculares de ambos determinan que un animal sea claro (de amarillo a rojizo) u oscuro (de marrón a negro). En los perros resulta que está implicado un tercer gen, llamado K, que además de controlar el color de la piel, actúa también en el sistema inmune natural, en su defensa contra los microbios.
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Básicamente uno de los genes (no me acuerdo cuál.. la carrera me queda unos años atrás :P) determina el color del pigmento y el otro gen determina si este pigmento es transportado o no a los células pertinentes de la piel. De ahí salen las combinaciones negro-rojizo-amarillo/blanco.