A comienzos del siglo XX Haber, convertido ya en un químico de renombre, era profesor en la Universidad de Karlsruhe. Fue allí, en colaboración con otro químico llamado Carl Bosch, donde desarrolló lo que se conoce como el "proceso Haber-Bosch", la síntesis de amoniaco a partir de hidrógeno y el nitrógeno atmosférico.Durante la Primera Guerra Mundial dirigió los trabajos alemanes para el desarrollo de armas químicas.En ocasiones era el propio Haber quien dirigía los equipos encargados de liberar los gases en el campo de batalla.
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