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Una supercomputadora analizó a Covid-19 - y una nueva e interesante teoría ha surgido [ENG]

Una supercomputadora analizó a Covid-19 - y una nueva e interesante teoría ha surgido [ENG]

Cuando Summit terminó, los investigadores analizaron los resultados. Fue, en palabras del Dr. Daniel Jacobson, investigador principal y científico jefe de biología de sistemas computacionales en Oak Ridge, un "momento eureka". La computadora había revelado una nueva teoría sobre cómo el Covid-19 impacta en el cuerpo: la hipótesis de la bradiquinina. La hipótesis proporciona un modelo que explica muchos aspectos de Covid-19, incluyendo algunos de sus síntomas más extraños. También sugiere más de 10 tratamientos potenciales, muchos de los cual...

| etiquetas: covid , tormenta de bradicinas
Comentarios destacados:                                  
#1 Parece ser que explica prácticamente todos los síntomas, incluso algunos muy raros como moratones en los dedos de los pies.

No son citoquinas si no bradicinas (que hacen los vasos sanguineos perder). Justifica la correlación entre la Vitamina D y la gravedad de la enfermedad.
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  1. Parece ser que explica prácticamente todos los síntomas, incluso algunos muy raros como moratones en los dedos de los pies.

    No son citoquinas si no bradicinas (que hacen los vasos sanguineos perder). Justifica la correlación entre la Vitamina D y la gravedad de la enfermedad.
  2. Cuarenta y dos.
  3. Me parece increíble (lo digo de verdad), el ser humano ya dispone de un verdadero oráculo.
  4. Si el Dr. House hubiera tenido uno de estos...
  5. Cuando las IA supere a la humana ya se encargará ella de solucionarnos los problemas
  6. El futuro de la medicina esta en AI. Puede estar siempre actualizada con los ultimos avances y puede realizar simulacuones como esta para llegar a concluiones y tratamientos. ♡
  7. #4 lupus.mdb
  8. #5 O de solucionar el suyo: nuestra existencia.
  9. Según la última frase, este paper no sugiere una cura en particular... Pero, ¿Por qué si fue publicado a principios de Julio, todavía no se habla de otras posibles vías de cura viables según los hallazgos torno a este paper?
  10. #6 Asi es, alguna vez lo he comentado en el trabajo y algunos ponen cara de incredulidad, pero esta claro que en pocos años sera una IA la que te haga el primer diagnostico
  11. #7 Error 404
  12. #5 #6 (y puede que #3) Lo de que se ha usado IA os lo estáis inventando, ¿no? La noticia no habla en ningún momento de IA.
  13. #7 mdb... No me extraña que uses floppys todavía...
  14. #1 ¿cuál es esa correlación con la vitamina D?
  15. #13 De la noticia, (primer párrafo y primera línea del segundo):

    Earlier this summer, the Summit supercomputer at Oak Ridge National Lab in Tennessee set about crunching data on more than 40,000 genes from 17,000 genetic samples in an effort to better understand Covid-19. Summit is the second-fastest computer in the world, but the process — which involved analyzing 2.5 billion genetic combinations — still took more than a week.

    When Summit was done, researchers analyzed the results.

    Aquí un artículo que habla sobre cómo funciona el supercomputador Summit:
    www.technologyreview.es/s/10300/summit-el-nuevo-superordenador-mas-pot

    Summit es el primer superordenador diseñado desde cero para ejecutar aplicaciones de inteligencia artificial (IA), como el aprendizaje automático y las redes neuronales.
  16. Por lo que he ido escuchando a familiares jubilados en los últimos meses, se ha ido extendiendo la receta de vitamina D. Parece mentira que en un país como este haya tanta población deficitaria.
    Creo que este estudio llega para afinar las hipótesis que iban apareciendo por el método de ensayo y error en el tiempo que llevamos lidiando con el virus.
    Ojalá esto sirva para mezclar un poco de aquí y de allá con farmacología existente y se pueda obtener un "frena-covid-dol" que llegada la infección te permita pasar el trance mucho más suave hasta que la vacuna aparezca.
  17. #16 Sí, la traducción de ese párrafo viene a ser que la computadora procesó chorrocientos millones de datos.
    Y eso así, sin más, no es IA.
    Y que la supercomputadora esté preparada para trabajar con IA no quiere decir que en este caso se haya usado IA.
  18. #15 Lo pone en el propio articulo, la vitamina D ayuda a bajar los niveles de algo llamado REN, y bajar los niveles de eso evita la formación de las mortales tormentas de bradicinina. (resumen y traducción muy libres)
  19. Interesante. Se pasa de la teoría de la tormenta de citoquinas a la de tormenta de bradicininas.
    Y como tratamiento principal hablan de vitamina D.
  20. #5
    El futuro de la IA (no lo he encontrado en español):
    m.youtube.com/watch?v=hmUVo0xVAqE
  21. #18 Don erre que erre.
  22. #18 ¿Has leído lo que te he puesto del otro artículo en castellano?
  23. #18 no, se refieren a que los procesó para hacer una imagen de gatos, no para analizarlos, no.
  24. #15 Al parecer el virus afecta mas gravemente a personas que tienen una deficiencia en la vitamina D, eso lo leí creo que aquí mismo hace ya bastantes meses.
  25. #22 Gran argumento, sí señor.
  26. #23 Sí, y te he contestado.
  27. #24 Evidentemente no sabes en qué consiste la IA.
    IA =/= procesar muchos muchos datos mu rápido.
  28. #13 cualquier computadora que saque conclusiones por si misma es Inteligencia Artificial y esta super computadora ha dado varias souluciones al problema. Por lo tanto es IA en estado puro.
  29. #8 skynet like
  30. #2 so long and thanks for all the covid
  31. #29 Claro, porque el artículo dice que la computadora ha sacado conclusiones por sí misma, ¿no?

    Porque esta frase no sale en el artículo, ¿no?:
    researchers analyzed the results.

    ¿Seguro que te has leído el artículo?

    En cualquier caso, tu definición de IA demuestra que no tienes ni idea de en qué consiste la IA.
  32. #25 ¿Te refieres a la vitamina esa que hay que salir a la calle a tomar el sol, sin estar confinados? xD xD xD xD xD
  33. #26 Ha sido un zasca, no te confundas.
  34. #34 Pues ha sido un zasca sin inteligencia. Ni artificial ni natural.
  35. #26 Hay mucha gente que confunde memoria con inteligencia, así que no es raro que crean que procesar mucha información tenga algo que ver con la IA.
    Dicho de otra manera, cometen el error de logica de que si A->B entonces B->A, les dicen que las IA usa grandes BBDD y cuando escuchan que hay una gran BBDD deducen que debe ser una IA.
    ¡Eh! Que puede que si la hayan usado, pero una cosa no implica la otra.
  36. #32 macho, eres asperger? Eres de los que disfrutas discutiendo?

    La máquina no ha solo procesado datos, ha dado también una conclusión, y eso es lo que analizan
  37. #25 ¿Y en España no deberíamos ir sobrados de vitamina D?
  38. #8 shht borra borra
  39. #17 A alguna gente le han recetado vitamina C para paliar las consecuencias del confinamiento. Mucha gente no puede disfrutar del sol dentro de casa y si no puede salir se le receta para prevenir una deficiencia de vitamina C, sobre todo en niños y personas mayores.
  40. #33 La misma que viste y calza. Pero eso no quiere decir que podamos andar libremente por la calle sin mascarillas. Por si acaso lo insinuabas.
  41. #36 Eso es, puede que la hayan usado, pero en el artículo no hay ni rastro de ello.
  42. #28 emmm me dedico a ello profesionalmente, si la respuesta no era esperada y da información extra es por que se ha sacado una idea que no estaba en las premisas, así que obligatoriamente ha pasado por machine learning (un tipo de IA) dudo que sea un sistema de redes neuronales aunque sea lo habitual en estos días por el tipo de datos así que probablemente haya sido un sistema de descenso del gradiente simple.
  43. #38 Depende de la forma de vida de cada uno. Su trabajo, sus costumbres, el lugar donde vivir (no es lo mismo Asturias que Andalucía)...
  44. #37 Yo disfruto tanto discutiendo como tú inventándote cosas que no dice el artículo. En ningún sitio habla de que la máquina haya sacado ninguna conclusión.
  45. #37 déjalo aquí solo es IA lo que él diga
    #29 "The computer had revealed a new theory about how Covid-19 impacts the body"
  46. #38 En realidad eso es un mito, porque para eso nos tendría que dar el sol durante todo el año y en condiciones y eso es incompatible con el ritmo de vida que llevamos. La mayoría curramos 'bajo techo' y sólo vemos el sol al amanecer o atardecer (con suerte) y eso no genera vitamina D.
  47. #42 Bueno... hay esto:
    "Written by Thomas Smith
    ... I write, speak and consult about AI"

    Pero seria cometer el mismo error, que este señor escriba sobre AI no significa que no pueda escribir de otras cosas... pero creo probable que si lo hayan usado.
  48. #43 JAJAJAJAJAJAJAJA

    JAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJAJA

    A ver, déjate de palabrería y lee: QUE EL ARTÍCULO NO DICE QUE LA MÁQUINA HAYA SACADO NINGUNA IDEA NI NINGUNA CONCLUSIÓN, QUE LO ÚNICO QUE DICE ES QUE HA PROCESADO CHOPOTOCIENTOS DATOS.
  49. #48 Pues es que eso es lo que me sienta mal del artículo, que lo escriba un consultor de AI, que diga en el titular que fue la supercomputadora la que analizó el virus (aunque eso nunca es del todo cierto, incluso en contexto AI) y luego no explique absolutamente nada de lo que hizo la supercomputadora. Precisamente que teniendo todo a favor para explicar cómo se usó AI no lo haga es lo que me hace dudar de que se utilizara.
  50. #38 La gente más morena necesita mucho más tiempo al sol para formar la vitamina D que los más blancos. Yo soy muy pálida y con 5 minutos al sol ya produzco más vitamina D que mi primo el que está morenísimo en 2 horas. Y quién pasa 2 horas al sol hoy en día aquí?... Pero vamos, hay artículos científicos en internet que hablan de eso. Yo últimamente he leído alguno porque salió este tema en la prensa, y me sorprendió mucho la gran diferencia de tiempos de exposición y producción de vitamina.
  51. #32 ¿y qué es una IA?
  52. #36 No es lo mismo almacenar mucha información en una BD que procesar muchos datos y extraer información últil superando a la comunidad internacional en el resultado de obtener la mejor hipótesis a alto nivel que encaje con los datos suministrados. Y parece ser más lo segundo que lo primero.
  53. #49 En serio ¿Sabes leer? "The computer had revealed a new theory about how Covid-19 impacts the body" tápate un poquito y deja de hacer el ridículo anda.

    ¿Palabrería? joder si sabes de IA (doy por hecho que sabes muchísimo para hablar con esa confianza) el hablar de Machine Learning, descensos del gradiente etc es como hablar de vocales y consonantes para gente que sabe leer.
  54. #38 Parece ser que (sorprendentemente), los países del sur tendemos a tener más bajos los niveles de vitamina D porque por un lado nuestra piel es más oscura y limita su absorción, y por otro tendemos a evitar el sol.
  55. #4 El doctor House llevaba décadas acertando casi todos los casos, y pese a ello sus jefes dudaban de él en cada enfermo nuevo que trataba, y poniéndole toda clase de trabas para que lo curase.

    Un guión redondo, sin fisuras.
  56. #45 El artículo lo da a entender. Sería necesario leerlo en versión original para aclararse y eso casi nadie lo ha hecho.
    ¿No hay traducción?
  57. #40 El escorbuto quizá.
  58. #38 He encontrado esto buscando un poco: www.elespanol.com/ciencia/salud/20180520/falta-vitamina-espana-mito-realidad/307719598_0.amp.html

    Exceso de protección solar (que le digan eso a los dermatólogos), cuestiones de dieta y que, a no ser que vivas en la playa, estás casi tan a la sombra como un danés
  59. #8 #2 tiene la respuesta xD
  60. #45 joder primer párrafo, no hay que buscar mucho: "The computer had revealed a new theory about how Covid-19 impacts the body"
  61. #38 Aparte de lo que han comentado los compañeros que cito abajo, probablemente el confinamiento no ayudó tampoco a aumentar los niveles de vitamina D. Es que no damos una...

    CC #44 #47 #51 #55 #59
  62. #53 Pero hay varias maneras de procesar mucho los datos y extraer información útil, y alguna de ellas no tienen nada que ver con la IA.
    Que no digo que no la hayan usado, apostaría que si, pero en el artículo no lo dice.
  63. #34 Pues antes de querer dar zascas, deberíais saber lo que decís. Para eso, en vez de hablar tanto, haríais bien de ir a la fuente y leer a los científicos. Igualmente, #16 comete un error interpretativo, pues que un computador se cree con aplicaciones de IA en mente (como una posibilidad) no quiere decir que todo lo que se corra en ese computador sea IA. En este caso, no lo es.

    Efectivamente, tiene razón #13 puesto que no se usa IA. Si vais al paper dice que han hecho secuenciación de ADN usando el paquete edgeR (bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/edgeR/man/edgeR.pdf). Básicamente, es un paquete de análisis estadístico paralelo para secuenciación genética.

    Nada de IA por ningún sitio. Simplemente, mucho procesamiento paralelo con un supercomputador para identificar secuencias genéticas.

    A veces, el erre que erre somos nosotros mismos, sin darnos cuenta.
  64. #37 Adopte un león marino.

    en.wikipedia.org/wiki/Sealioning  media
  65. #18 podría no ser IA o podría serlo.
    No obstante, parece más bien un ejercicio de big data
  66. #14 de 5 1/4 que ocupan menos espacio físico.
  67. #43 Estás confundiendo "respuesta no esperada" con "resultado no esperado". En ciencia muchísimas veces los resultados de experimentos son no esperados, y eso no implica que haya Machine Learning por ningún sitio.

    En el paper dicen claramente lo que han hecho, y es que han usado EdgeR para secuenciación genética por análisis estadístico masivamente paralelo (de ahí el uso de un supercomputador). En este caso, no es IA.
  68. #33 No hace falta tomar el sol, con comer pescado azul basta, sobre todo salmon y bacalao.
  69. #49 Sinceramente, aunque tienes razón en lo que estabas planteando, y te he defendido por ello, esta respuesta me parece de muy mal gusto y fuera de lugar.

    Que una persona pueda tener una confusión de algún tipo o estar equivocada no implica tener que ridiculizarla de esta forma. Me parece muy feo, más aún si tienes razón.
  70. #33 Si, pero ojo, que no basta con eso. De hecho en los países mediterráneos por nuestro tipo de piel parece ser que tenemos menor producción de vitamina D. Eso explicaría porque en España o Italia el virus ha hecho mas daño que en Alemania o los países nórdicos, por ejemplo.

    Solución: Suplementar con vitamina D3 y K2 MK7 que es un mineral que favorece su absorción.
  71. #54 Aunque su respuesta es de mal gusto (y se lo acabo de decir), tiene razón. En el paper describen los métodos de análisis (lo que debemos mirar para concluir cosas, y no lo que han escrito los periodistas) y dicen claramente que usan el paquete estadístico EdgeR y que han hecho secuenciación genética usando análisis estadístico masivamente paralelo. No, en este caso, no es IA, sólo procesamiento de datos.
  72. Artículo originalmente publicado en elife el 7 de julio:
    A mechanistic model and therapeutic interventions for COVID-19 involving a RAS-mediated bradykinin storm
    elifesciences.org/articles/59177?fbclid=IwAR2GFrhe_35bxlXTuXTWKdfZiBYT
  73. #38 Parece que generamos menos que en otros países por tener la piel mas oscura:

    "Tener una piel más oscura hace que sea más difícil para la piel absorber suficiente sol para fabricar vitamina D. Nuestros cuerpos también son menos eficientes en la creación de vitamina D a medida que envejecemos, por lo que muchas de las personas mayores suelen tener deficiencia de vitamina D. Y la falta de suficiente vitamina D está estrechamente asociada con enfermedades crónicas comunes como enfermedades cardiovasculares y diabetes, entre otras."

    cnnespanol.cnn.com/2020/05/27/el-efecto-de-la-vitamina-d-sobre-covid-1

    Esto lo he buscado rápidamente pero había un estudio médico bastante riguroso que llegaba a esta conclusión y que anduvo circulando durante la fase aguda de la pandemia.
  74. #73 utilizarían EdgeR para la secuenciación pero luego esos datos hay que procesarlos para tener un resultado, el artículo inicial tiene un enlace a esto: www.forbes.com/sites/cognitiveworld/2020/08/05/your-lungs-can-fill-up- donde literalmente dice "The Power of Explainable-AI and Supercomputing
    Dan's team at ORNL has been consciously building explainable-AI tools for applications across many research areas"


    Lo que sí mucha gente confunde hoy en día es IA con redes neuronales, de ahí mi idea original de que no se usaron y solo se usó algún tipo de descenso de gradiente para generar las conclusiones de todos esos datos estadísticos.

    En cualquier caso charlar con gente educada, aunque opine lo contrario que yo, como es tu caso siempre es un placer.
  75. Habiendo leído el artículo, no el paper original, Flipo como medico pones cuatro datos te analiza la secuencia genética y te da una hipótesis mezclando fisiología/clínica/anatomia patologica médicas. Esa máquina es un súper ordenador o dios+wikipedia?
  76. #72 ¿Y en qué alimentos los encontramos?
  77. #76 Te copio la descripción de los métodos directamente del paper (elifesciences.org/articles/59177). Lo he leído dos veces. A no ser que esté interpretando mal algo, es revisión y anotación manual, análisis estadístico, ajuste e inspección manual, para terminar en otro ajuste estadístico de p-valores. Dime tú si ves alguna otra cosa:

    FASTQ files were downloaded from the Sequence Read Archive (PRJNA605983 and PRJNA434133, metadata: Supplementary file 1) at the NCBI and trimmed using the default parameters in CLC Genomics Workbench (20.0.3). RNA-Seq analysis was performed using the latest version of the human transcriptome (GRCh38_latest_rna.fna, 160,062 transcripts to which we appended the SARS-CoV-2 reference genome, MN908947). Mapping parameters were set with a mismatch cost of two, insertion and deletion cost of three, and both length and similarity fraction were set to 0.985. TPMs were generated for all 160,063 transcripts for the nine COVID-19 samples and the 40 controls (Supplementary file 2). The resulting transcript mappings for genes of interest were manually inspected to account for any expression artifacts, such as reads mapping solely to repetitive elements such as the Alu transposable element or all reads mapping to a UTR or pseudogene therein. Transcripts whose counts came solely from (or were dominated by) reads at repetitive elements were removed from the analysis. For the controls cases we ran an outlier analysis using the prcomp function in the R package factoextra. Input data were TPM for transcripts that averaged greater than one across all samples (30,102, Supplementary file 2).

    To test the hypothesis that gene transcripts were differentially expressed in the COVID-19 patients vs controls, the edgeR package was used (Robinson et al., 2010; McCarthy et al., 2012). Briefly, normalization factors were determined and the count data were scaled to account for library size according to the package instructions. Then, dispersion was estimated and a negative binomial model was fit to the read counts for each gene. Genewise tests were then performed to test for differential expression. As described below, manual inspection of isoforms determined when there was isoform switching and differential isoform or gene expression was calculated as described above. The p-values were adjusted for multiple comparisons using the Benjamini-Hochberg method.
  78. #72 he encontrado esto que refuerza lo que dices
    www.tiempo.com/noticias/actualidad/por-que-nos-sobran-horas-de-sol-per
    Vivo en UK y tomamos suplementos de vitamina D... leí también que nuestra piel más oscura es más ineficiente para absorber vitamina D del sol (podría ser un cuñadismo, no lo niego)
  79. #1 Yo agradezco haber tenido la feliz idea de suplementarme vitamina D desde el principio.
  80. #49 Ostras, no sé si tienes razón o no, pero con esas formas vas perdiendo credibilidad. Respeta tronco.
  81. #82 vives en el año 3000
  82. #22 me flipa esa peli y aún sigo viéndola , grande Paco Martínez Soria.
  83. #1 Lo que tambien cuadra con que tengamos muchos mas infectados pero menos muertos. A más sol mas vitamina D, me temo que vamos a tener un otoño movidito...
  84. #82 pues pasa el telefono de tu camello o dinos donde la compras :-)
  85. #45 en #61 te lo dejan clarito. Saludos y suerte
  86. Suena bien, pero no hay que olvidar que es una teoría.
    No lo he leído entero, pero por lo que he leído, el virus entra por la nariz por medio de las enzimas receptoras ACE2 ( www.wired.com/story/meet-ace2-the-enzyme-at-the-center-of-the-covid-19 ) , luego se dispersa por el cuerpo ocupando órganos que también tienen receptores ACE2 como intestinos, riñones y corazón, y entonces viene lo interesante, el virus secuestra otras partes del cuerpo y las llena de receptors ACE2 en sitios donde apenas o nunca suelen estar, como los pulmones p.e.
  87. #38 En verano si, ya que hay más horas se sol y nos gustan las terracitas, pero no en invierno. Esta es una de las posibles explicaciones, porque los casos parecen más leves en verano.
    También explicaría la elevada mortalidad de las residencias.
  88. #3 Has dicho "culo".
  89. #70 No, no basta con eso. A no ser que te comas diariamente 300 gramos de salmón.
  90. Covid-19 is like a burglar who slips in your unlocked second-floor window and starts to ransack your house. Once inside, though, they don’t just take your stuff — they also throw open all your doors and windows so their accomplices can rush in and help pillage more efficiently.

    Y esto podría explicar la gravedad en personal sanitario no?
  91. #31 me ha venido a la cabeza tópicos y tal... Cuando Portugal estaba tan bien era por las toallas???

    Lo siento...
  92. La vitamina D se absorbe peor en gente con piel oscura, es eso? Entonces, los chinos que tienen la piel muy blanca? {0x1f636}
  93. #93 !Que dices! No seas exagerado. Con comer una ración de 150g cada 3 días valdría. Aquí tienes una pagina con una tabla de alimentos y la vitamida D que aportan, abajo las cantidades diarias recomendadas por cada grupo de edad. Para niños y adultos, la mayoría de raciones normales dan vitamina D suficiente para 4 dias.

    www.fisterra.com/m/ficha.asp?idFicha=2810
  94. #14 van como un tiro
  95. #97 mucho mercurio veo en tu dieta con tanto salmón.
  96. #33 Si tomas el sol sin protección solar es peor que dejar de absorber la vitamina D de este (y prácticamente todos salimos sin protección a la calle). La lista de alimentos que aportan esta vitamina es bastante amplia: www.abc.es/bienestar/abci-alimentos-ricos-vitamina-como-40536116739-20

    #93 Alineando el enlace que he compartido encima de estas líneas y el siguiente, donde indica que una persona adulta necesita 15mcg, verás que no hace falta comer tanto bacalao: ods.od.nih.gov/factsheets/vitamind-datosenespanol/
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