@McManus, generalmente utilizo scripts de Python con SciPy/pylab:

matplotlib.sourceforge.net/
www.scipy.org/
sourceforge.net/projects/pylab/

Miniejemplo de las cosas básicas:
import pylab
from numpy import *
x1 = arange(0.0, 4.0, 0.01)
x2 = arange(0.0, 4.0, 0.2)
y1 = 1 + 0.5*sin(2*pi*x1)
y2 = x2**0.5
pylab.plot(x1, y1, 'b-')
pylab.plot(x2, y2, 'r.')
pylab.grid(True)
pylab.show()